化妆品净化工程在口红制造中的应用主要体现在以下几个方面：

空气净化：化妆品净化工程可以有效地净化空气中的微粒、细菌、病毒等有害物质，保证口红制造过程的洁净度。通过在口红制造车间中设置高效过滤器、负压排风系统等设备，可以将空气中的微尘、异味等有害物质过滤掉，从而保证口红制造车间的洁净度。

人员净化：化妆品净化工程可以有效地净化工作人员的皮肤表面、服装等，避免外来细菌、病毒等对口红制造过程的污染。通过在口红制造车间中设置空气淋浴、人员净化器等设备，可以有效减少工作人员的微生物负荷，从而保证口红制造车间的洁净度。

设备净化：化妆品净化工程可以有效地净化口红制造设备表面、管路等，避免设备表面的细菌、病毒等对口红制造过程的污染。通过在口红制造车间中设置在线清洗设备、消毒设备等，可以有效净化口红制造设备，从而保证口红制造的质量和卫生安全。

综上所述，化妆品净化工程在口红制造中的应用可以有效地保障口红制造过程的洁净度和卫生安全，提高口红的质量和品牌形象。