厂房净化工程建设的成本和效益分析是一个很重要的问题，以下是一些控制成本的建议：

合理设计：在设计方案中，应根据实际需求和要求，制定科学合理的设计方案，避免过度设计和浪费，减少不必要的建设成本。

选择优质设备：选择优质的设备和材料，虽然投资成本较高，但是后期维护、操作、能源消耗等方面的成本和效益可以得到有效地平衡。

选择合适的工程商：选择一家有实力、有资质、信誉好的工程商进行施工，避免施工质量不达标或存在安全隐患而带来的额外成本。

采用节能环保技术：在工程设计中尽可能采用节能、环保、可持续的技术，如采用绿色建材、能源回收利用等，既能够实现环保，又能够节约建设成本和日常运营成本。

严格管理和维护：建设完成后要对设备进行定期的维护保养，及时发现和处理问题，减少因设备故障引起的维修成本和生产停产损失。

成本效益分析：在建设前要进行成本效益分析，综合考虑建设成本、运营成本、节能效益和环保效益等，制定合理的投资计划和预算，从而控制建设成本。

综上所述，厂房净化工程建设的成本和效益分析需要综合考虑多方面因素，如合理设计、选择优质设备、采用节能环保技术、严格管理和维护、成本效益分析等，从而在保证质量的前提下控制建设成本，实现长期的经济效益和社会效益。